Nel comprensorio ricadono molte aree protette, a carattere locale, provinciale, regionale e statale. Tra queste vanno segnalati 10 Siti di Interesse Comunitario (SIC), e cioè “Alta Valle del Torrente Pescia di Pescia”, “Lago di Sibolla”, “Padule di Fucecchio”, “Bosco di Chiusi e Paduletta di Ramone”, “Cerbaie”, “Boschi di Germagnana e Montalto”, “Monte Pisano”, “Selva Pisana”, “Padule di Suese e Biscottino”, “Montenero”, che si estendono per una superficie complessiva di 29.076 ha, pari a circa il 10% del totale dei SIC regionali. 6 di questi sono totalmente compresi nel perimetro del consorzio.
Il Lago di Sibolla
Situato in provincia di Lucca, tra Altopascio e Chiesina Uzzanese, pur con un’estensione ridotta rispetto al passato, può senz’altro essere considerato uno degli ambienti naturali di maggior pregio del nostro paese, un mosaico di diversi ecosistemi, un ambiente palustre vero e proprio, ricoperto da vegetazione igrofila e solcato da un fitto reticolo di fossi e canali, con aree boscate a margine con caratteristiche igrofile (ontanete planiziali) e mesoxerofile a prevalenza di Roverella e Pino marittimo. Dal punto di vista floristico è da considerare il più importante ed integro biotopo palustre della Toscana in quanto conserva una vegetazione “relitta” sia di tipo quaternario che terziario sopravvissuta alle Ere Glaciali ed ai mutamenti climatici che si sono succeduti nel corso delle ultime decine di migliaia di anni.
Il Bosco di Chiusi e Paduletta di Ramone
Il bosco di Chiusi, ricco di querce secolari con caratteristiche del bosco mesoigrofilo, rappresenta l’ultima significativa testimonianza della foresta planiziale che in passato doveva estendersi su gran parte della Bassa Valdinevole.
Depressioni soggette ad inondazione naturale più o meno prolungata si trovano all’interno e ai margini del Bosco; tra queste la più importante è la Paduletta di Ramone, un ramo laterale del Padule con caratteristiche di torbiera.
Il Parco di San Rossore
Quello del Parco Naturale di Migliarino, San Rossore e Massaciuccoli è un territorio ricchissimo e complesso, con un’estensione di circa 23.000 ha, ancora oggi diviso per buona parte in grandi tenute. Entro il suo perimetro si presentano varie tipologie di ambienti naturali, habitat così diversi con situazioni di microclima altrettanto vario che hanno sviluppato una vegetazione spontanea molto differenziata a seconda delle zone, con una prevalenza di area boschiva (circa un terzo, con pioppi, ontani, frassini, lecci, pini domestici e marittimi), dune e aree palustri. Si possono trovare specie di flora rara, come drosere, periploche, osmunda e ibisco rosa, ma anche una ricca varietà di uccelli (germano reale, airone cenerino e bianco, trampolieri, cormorani), pesci d’acqua dolce delle pianure italiane (carpa, luccio, tinca), e mammiferi di media e piccola taglia (cinghiali, daini, volpe rossa).